Equatoriale, con umidità diffusa. Esistono due stagioni secche, intervallate da due stagioni delle piogge che vanno da fine marzo a metà giugno e da fine ottobre agli inizi di dicembre. Il clima è caldo-umido sulla costa (Mombasa), torrido e quasi desertico nelle regioni del lago Turkana, gradevole negli altopiani e nelle regioni montagnose del centro. I periodi migliori per una vista sono gennaio-febbraio e da luglio a ottobre.

- Febbre gialla: ai viaggiatori aventi un’età superiore ad un anno e provenienti da zone infette viene richiesto tale certificato di vaccinazione.

Febbre gialla; Difterite e Tetano; Poliomielite; Morbillo; Febbre tifoide; Epatite A; Epatite B; Rabbia.

- Malaria: il rischio di malaria esiste in tutto il paese tutto l’anno, principalmente nella forma maligna da P. falciparum. Vi sono normalmente pochi rischi nella città di Nairobi e sugli altipiani (al di sopra dei 2500 metri) delle seguenti province: Centrale, Valle del Rift, Orientale, Nyanza e Occidentale. Segnalata forte resistenza del P. falciparum alla clorochina e resistenza alla sulfadossina/pirimetamina. Profilassi raccomandata: meflochina.

- Altre malattie trasmesse da artropodi: si riscontrano, a volte, la leishmaniosi tanto cutanea che viscerale, specie nelle aree più secche. La tripanosomiasi africana (malattia del sonno) è segnalata principalmente in piccoli focolai e si verificano casi di febbre ricorrente e di tifo da pidocchi, pulci e zecche. Molte malattie virali, trasmesse da zanzare, flebotomi, zecche ecc., si possono presentare sotto forma di febbri emorragiche gravi.
Nel 1992 si è verificata un’epidemia di febbre gialla (tasso di mortalità del 48%). L’epidemia era iniziata nei distretti di Baringo, Elgeyo e Marakwet. L’8 febbraio 1993 iniziò una vaccinazione su larga scala; un mese dopo oltre 500.000 persone risultarono vaccinate contro la febbre gialla.
Casi di peste si sono verificati negli anni scorsi nel distretto di Machakos, provincia orientale e nella stessa capitale.

- Diarrea del viaggiatore: rischio elevato. Raccomandata rifaximina per eventuale trattamento.

- Altre malattie trasmesse dagli alimenti e dall’acqua: fortemente endemiche, troviamo molto diffuse le elmintiasi di origine alimentare, le dissenterie e le malattie diarroiche, comprese il colera (nel primo trimestre '99 dichiarati 1.646 casi con 50 decessi), la giardiasi, la febbre tifoide, l’epatite A ed E (di cui vengono segnalate epidemie). Focolai isolati di dracunculosi.

- AIDS: al 28/09/1998 il numero di casi riportati dal paese era di 81.492.

- Altre malattie: in tutto il Paese è presente la schistosomiasi (bilharziosi). Oltre al tracoma, che è diffuso, endemica è la poliomielite. Nel biennio 98/99 (sino al 4 marzo '99) non vi sono casi segnalati (dato poco attendibile per l'inaffidabilità dei sistemi di vigilanza e notifica). Tra le altre malattie, sono da ricordare certe febbri emorragiche da arenavirus, spesso mortali. Serbatoi animali di infezioni da virus Ebola e Marburg sono stati identificati. Prestare attenzione agli animali rabidi e ai serpenti. Nel paese esiste un’alta prevalenza (5-20%) di portatori del virus HBV, responsabile dell’epatite B.

Evitare le zone al confine con la Somalia, la regione del Lago Turkana, le strade Malindi-Lamu e Malindi-Garissa, zone teatro di scontri tribali. Estremamente diffusa col turismo di massa la prostituzione ed elevato il rischio di malattie sessualmente trasmesse.