Equatoriale, con temperature costanti (intorno ai 27°) che variano in funzione dell'altitudine.
La regione intorno al lago Vittoria è piuttosto piovosa. Da evitare il periodo da marzo a maggio. I mesi meno piovosi sono invece luglio, agosto e settembre. Nella metà occidentale del paese, i mesi meno secchi sono da dicembre a febbraio. Nel nord est del paese si estende una zona semi-desertica di savane. In questa zona la stagione secca dura da novembre ad aprile.

Il certificato di vaccinazione contro la febbre gialla viene richiesto ai viaggiatori aventi un'età maggiore di un anno e provenienti da zone infette.

Febbre gialla; Difterite e Tetano; Poliomielite; Morbillo; Febbre tifoide; Epatite A; Epatite B; Rabbia.

- Malaria: durante tutto l'anno e in tutto il paese, comprese le città principali di Fort Portal, Jinja, Kampala, Mbale e parti di Kigezi, esiste il rischio di contrarre la malaria, principalmente nella forma maligna da P. falciparum. Segnalata resistenza alla clorochina. Profilassi raccomandata: meflochina.

- Altre malattie trasmesse da artropodi: sono la principale causa di mortalità. Oltre alla malaria, sono diffuse diverse forme di filariosi ed esistono focolai endemici di oncocercosi (cecità dei fiumi). Si riscontrano la leishmaniosi cutanea e viscerale ed è segnalata in piccoli focolai la tripanosomiasi africana (malattia del sonno). Si verificano casi di febbre ricorrente e di tifo da pidocchi, pulci e zecche. Focolai naturali di peste sono stati segnalati nel paese. Diffusa è la tungosi e molte malattie virali, trasmesse da zanzare, flebotomi, zecche, ecc., si possono presentare sotto forma di febbri emorragiche gravi. Epidemie di febbre gialla si verificano periodicamente tra la popolazione non vaccinata.

- Diarrea del viaggiatore: rischio elevato. Raccomandata rifaximina per eventuale trattamento.

- Altre malattie trasmesse dagli alimenti e dall'acqua: fortemente endemiche, l'echinoccoccosi, le elmintiasi di origine alimentare, le dissenterie e le malattie diarroiche, comprese il colera (nel 1992 sono stati denunciati 5072 casi con 104 morti), la giardiasi, la febbre tifoide, l'epatite A ed E.
La dracunculosi è diffusa in 164 villaggi e nel 1998 sono stati segnalati 1.061 casi dei quali 162 riportati dal Sudan.

- AIDS: al 31/12/1997 il numero di casi riportati dal paese era di 53.306.

- Altre malattie: diffusa la schistosomiasi come pure il tracoma; endemica e la poliomielite. Nel biennio 98/99 (sino al 4 marzo '99) segnalati 5 casi. Serbatoi animali di infezioni da virus Marburg sembrano essere presenti. Tra le altre malattie, certe febbri emorragiche da arenavirus sono spesso mortali. Attenzione agli animali rabidi e ai serpenti.
Nel paese esiste un'alta prevalenza (5-20%) di portatori del virus HBV, responsabile dell'epatite B.

Da evitare il nord per la presenza di movimenti di guerriglia che controllano parte del territorio settentrionale. Esistono conflitti tra le diverse etnie che popolano il paese, che ebbe l'interesse della stampa ai tempi della feroce tirannia del dittatore Amin, accusato anche di antropofagia.